伴随着文明的破坏与重建，伊斯兰教在中亚诸汗国时期(16世纪～19世纪中叶)完成了本土化过程，并最终得以在中亚独立发展，成为中亚地区占绝对优势的宗教。
沙俄统治时期——伊斯兰教的“俄罗斯化”
中亚19世纪中期至1917年中亚处于沙俄统治时期。沙俄对中亚伊斯兰教实行利用与控制两手政策。利用政策方面，包括在立法上对伊斯兰教予以承认，以最大限度获取广大穆斯林的支持;提高伊斯兰教神职人员的地位和待遇，收买人心，这一时期中亚地区的教职人员地位显赫，待遇丰厚;修建宗教设施、支持朝觐活动。沙俄政府的利用政策主要目的还是为了加强对中亚地区的控制，因此不断推动伊斯兰教“俄罗斯化”，力图削弱伊斯兰教在中亚的影响，其控制政策主要体现在：不断加强对伊斯兰教的监管;逐渐限制伊斯兰教会的权力，降低其在居民中的权威性，弱化穆斯林宗教意识;在中亚推广东正教。
尽管沙俄对中亚伊斯兰教采取诸多控制措施，但总体上讲沙俄的宗教政策还是比较宽松的，因此这一时期中亚的伊斯兰教得到不断发展，宗教学校成为穆斯林接受教育的主要途径，还出现了一些旨在寻求新出路、改变伊斯兰教危机状况的思潮、运动和新的教派，如瓦伊索夫派、新穆里德主义、札吉德运动、穆里德兄弟会、泛伊斯兰主义和泛突厥主义等。
苏维埃初期——中亚宗教极端势力初现
十月革命后，苏联的外部环境十分严峻，西方国家把苏联视为敌人，伺机策划破坏苏维埃政权的活动。同时内部问题也更加严重：自1918年开始爆发国内战争，安全形势紧张，内战牵制住苏维埃政权的大量精力;中亚苏维埃政权的力量还比较薄弱，中亚地区被剥夺特权的封建巴依(即地主)和伊斯兰宗教界对苏维埃政权十分不满。在这样的背景下，自1917年底至1926年和1933年，中亚发生了具有宗教极端主义性质的巴斯马奇反革命武装叛乱。
“巴斯马奇”(басмачество)意思是“土匪”、“强盗”，源自突厥语“巴斯马克”，即“进攻”、“突袭”之意。1918年2月，浩罕的穆斯林政府被苏维埃政权推翻后，它的一些成员投奔了巴斯马奇，巴斯马奇还得到包括部分宗教人士在内的反革命势力支持，使巴斯马奇由一个以抢劫为生的犯罪集团转变为反对中亚苏维埃政权的宗教极端武装组织。
巴斯马奇的目标就是要推翻苏维埃政权，建立中亚伊斯兰共和国。这个有明显泛伊斯兰主义和泛突厥主义色彩的宗教极端组织鼓吹宗教狂热，煽动群众，向苏维埃政权发动武装进攻，经常在城市、村镇和居民点进行突袭。1917年底至1918年初，巴斯马奇发动叛乱，建立“浩罕自由政权”，组建“突厥斯坦穆斯林自卫军”，并在费尔干纳地区成立了“临时政府”，并得到英、美等西方国家的援助。美国出台了“未来中亚十四条”，强调在必要的情况下，可以对突厥斯坦实行“委托统治”。英国也宣称，可以建立一个大英帝国庇护下的中亚哈里发突厥斯坦国家。
苏维埃政权打击巴斯马奇反革命运动的主要应对策略首先是把打击对象分为两个层次，联合中亚人民一道对顽固的武装分子进行坚决打击，对受到蛊惑的普通民众则采取多做工作、逐渐感召的政策。1920年5月，突厥斯坦前线指挥官伏龙芝率苏联红军进入费尔干纳，号召突厥斯坦当地居民应征入伍，组成了2500人的骑兵剿匪部队，将巴斯马奇匪帮赶进阿尔泰山。之后巴斯马奇在那里建立了“帕米尔-阿莱”基地。其次，提高中亚人民的生活水平，改善宗教人士的待遇，宗教界精神权威在一定程度上得到恢复，被充公的土地部分归还给清真寺，以争取民心。再次，大赦普通的巴斯马奇武装分子，许多巴斯马奇武装分子得以返回家园。最后，引导和教育中亚各族人民对宗教、科学以及苏维埃政权的正确认识。
1922年、1924年和1926年，苏联红军在中亚各族人民的支持下，击溃了巴斯马奇的多次反扑，最终被苏联军队歼灭了大部分匪徒，其残余势力逃往阿富汗、伊朗及中国的新疆。在同巴斯马奇长达十年的斗争中，中亚苏维埃政权经受住了考验，对中亚的宗教民族主义势力给予了沉重打击，从客观上为改变中亚历史上形成的各民族混居与分割并存的局面创造了条件。
苏联时期——作为社会主义对立面的伊斯兰教
从1917年十月革命胜利到1991年苏联解体的70多年间，苏联的伊斯兰教政策变化可以分为三个阶段：20世纪20年代苏维埃政权建立初期的宽容政策;20世纪20年代末至60年代漫长的压制、控制和管理政策;20世纪60年代中期至80年代中期的松动政策。
20世纪20年代苏维埃政权建立初期对中亚伊斯兰教采取宽容政策：对伊斯兰教人士给予充分尊重，未剥夺宗教组织的财产，尊重伊斯兰教法，允许宗教学校存在，不在中亚地区开展反宗教宣传，尊重信教群众的宗教感情。在苏维埃政权建立后的头十年，中亚地区的宗教工作颇有成效，中亚广大穆斯林居民充分享有宗教自由，同时也学习接受无神论等新知识。除实行正确的宗教政策外，苏维埃政府还通过民族划分、组建民族共和国以及加入苏联等方式减少伊斯兰教对中亚社会的影响，使中亚各民族国家与苏联的社会现实相适应，经过发展民族文化、加强科学教育，淡化伊斯兰教在社会生活中的作用。
20世纪20年代末至60年代采取压制、控制和管理政策。列宁逝世后，苏联政府对伊斯兰宗教政策做出重大调整，开展“宗教世俗化”运动，逐渐在对待中亚伊斯兰教问题上开始变得粗暴，采取了许多压制手段，包括大规模关闭宗教设施，迫害伊斯兰宗教人士，发动全民反对伊斯兰教，大力推动无神论教育和宣传等方式，把伊斯兰教置于“社会主义的对立面”。
20世纪60年代中期至80年代中期政策有所松动，实行政治上加强控制、放宽对宗教团体和宗教活动限制的松动政策。开放了一些清真寺，允许伊斯兰上层人士参加或举办世界性的宗教活动，这一时期中亚的穆斯林数量有所增加，青少年信教人数增多，一些共青团员和共产党员中也出现了信教者。这主要是由于当时人们的精神生活比较贫乏，青年群体不关心政治的现象十分普遍，长期的官僚体制衍生出来的社会懒散风气让人们对集体事业、对社会活动更加消极。
不过，苏联政府对所谓伊斯兰教“残余”的打压仍在继续进行。苏联政府通过行政命令和思想灌输的方式强行推广无神论教育、淡化中亚居民的伊斯兰教意识，这种作法带来了严重后果：强行改变信仰极大伤害了穆斯林的感情，给广大中亚穆斯林带来了巨大的摧残，在20世纪30年代的“大清洗”运动中，乌兹别克大部分神职人员被关进劳动营;对伊斯兰文化造成浩劫，很多清真寺被关闭，大量宗教文献被毁;为日后宗教极端思想的泛滥埋下隐患——部分穆斯林产生了“建立政教合一政权，与世俗政权对立”的思想，向往中亚民族独立国家时期的政教合一体制下的信仰自由生活，对世俗政权产生了强烈的憎恨。
苏联解体——伊斯兰历史意识的回归
苏联解体前夕伊斯兰教在中亚开始复兴。1985年3月，戈尔巴乔夫执政后全面推行“新思维”政策。与此相适应，苏联对宗教和宗教组织几十年一贯制的严格管理与监督出现失控，长期受到压制的中亚伊斯兰教呈迅速发展之势，许多人开始严守伊斯兰教规，甚至一些共产党员也恢复了宗教信仰。1988年下半年，苏联政府对宗教政策进行重大调整，放弃了对宗教复苏的遏制政策，改为对话、疏导与合作。1990年2月，苏共中央做出决定取消一党制，实行多党制。一些具有政治色彩的伊斯兰组织乘机扩充势力，表现出强烈的参政意识。宗教开始渗透到政治领域，并对社会发展进程施加影响。
这一时期伊斯兰教在中亚地区复兴的主要表现是：中亚居民对伊斯兰教表现出高涨的热情，去麦加朝觐的人数显著增多，伊斯兰上层和教职人员中加入一大批青年知识分子，青年知识分子对伊斯兰教和本民族的历史传统文化表现出浓厚兴趣，礼拜、封斋、饮食禁戒等伊斯兰教礼仪和传统习俗被穆斯林普遍遵行;各种宗教设施和宗教学校大幅增加，大量开放、修复和新建清真寺;宗教团体、教职人员的数量明显增多，伊斯兰教书籍被允许出版发行，由于官方的伊斯兰机构无法满足信教群众的精神需求，非法“民间毛拉”大量存在;出现宗教政党，1990年6月，在俄罗斯阿斯特拉罕市成立全苏伊斯兰复兴党，之后在中亚地区也出现了该党的基层组织，其中塔吉克斯坦伊斯兰复兴党有众多成员，并成为该国一支重要的政治力量，塔吉克民主党、“拉里—巴达赫松”协会、乌兹别克“比尔里克”人民运动以及哈萨克的“阿拉什”等党派组织也都带鲜明的民族宗教色彩;中亚穆斯林开始与境外伊斯兰运动建立联系，伊斯兰教高层人士与沙特阿拉伯和伊朗伊斯兰运动领导人之间建立起私人关系，并获得了大量的资金援助。
苏联解体前夕中亚伊斯兰教复兴的另一显著特点是出现了宗教极端主义的苗头：首先，狂热的穆斯林开始关注伊朗伊斯兰革命和阿富汗“圣战”，例如在塔吉克出版的《伊斯兰真理》杂志曾大量刊载霍梅尼的作品和言论;其次，一些中亚加盟共和国的伊斯兰教宗教人士开始接受沙特阿拉伯和伊朗等国伊斯兰运动以建立伊斯兰(神权)国家为思想基础的原教旨主义政治纲领，有的神职人员不仅煽动宗教情绪，还公然号召进行“圣战”，以推翻当时的苏联国家制度;最后，一些穆斯林开始有过激行为。1988年在塔什干的一次集会上，激进的穆斯林亮出了象征伊斯兰教的绿色旗帜，甚至有的地方发生了围攻和殴打无神论宣传教育人员的事件。
中亚五国独立后，伊斯兰教在中亚开始全面复兴，复兴分为三个阶段：1990～1993年，伊斯兰教迅速传播，并影响了政治进程;1993～1995年，伊斯兰原教旨主义抬头，中亚各国开始监督宗教的活动;1995年以后，伊斯兰极端主义扩散，与政府发生冲突。
随着中亚各国的独立和对伊斯兰的认同，参加伊斯兰会议组织的活动，特别是强调发展民族经济和民族传统文化，中亚各国的民族传统文化很难与伊斯兰教分开，强调民族的内容实际上也就在无形中把宗教再度引入人们的社会生活。无论是“伊斯兰的形式，民族的内容”，还是“民族的形式，伊斯兰的内容”，这一转变必然导致“伊斯兰”在社会生活中重新居于重要的地位。这种对中亚伊斯兰历史文化的自豪感成为独立初期宗教复兴的重要原因。在极度高涨的民族和宗教的历史文化热情推动下，人们对于伊斯兰的再度接纳是狂热的、虔诚的，在某种程度上也是激进的。
从伊斯兰教在中亚的本土化过程考察宗教极端势力的历史根源，可以发现，当伊斯兰教成为中亚居民根深蒂固的信仰之后，极端的宗教思想，或者非伊斯兰教本原的“异端思想”的出现，往往每一次都有惊人的相似之处：第一次是19世纪末20世纪初的泛伊斯兰主义和泛突厥主义;第二次是20世纪20年代的“巴斯马奇”运动;第三次是20世纪90年代初到21世纪初的宗教极端主义。这三次带有宗教极端性质的历史事件具有共同的特征：第一，均处于历史变革、政局动荡时期;第二，均有外国势力的参与;第三，均带有暴力色彩;第四，波及面都很广。中亚的伊斯兰教是一个政治色彩浓厚的宗教，伊斯兰教在中亚的本土化是在持续不断的政治利益和物质利益纷争中实现的，它的宗教教派容易受到政治利益的驱动，也容易政治化。这种容易受到政治影响的、外来的宗教，在经历了几百年后、中亚五国独立之初的复杂局势中，由掀起伊斯兰复兴浪潮，到极端思想泛滥，最后衍生出极端的、恐怖的宗教组织。
本文选编自中国社会科学院俄罗斯东欧中亚研究所苏畅老师的《中亚宗教极端势力的发展历史》。