王夫之的著述有一百多种，四百多卷。今人编有新点校本《船山全书》，由岳麓书社于1988—1996年出版，大体收罗完备。其中，哲学著作有：《周易内传》《周易外传》《尚书引义》《诗广传》《读四书大全说》《老子衍》《庄子解》《庄子通》《张子正蒙注》《思问录》等；史论与政论有：《读通鉴论》《宋论》《黄书》《噩梦》等。夫之于暮年回首平生，感慨系之，自题墓石曰：“抱刘越石之孤愤，而命无从致；希张横渠之正学，而力不能企。”刘越石，即东晋的刘琨，与闻鸡起舞的祖逖均为发愤图强，矢志报效国家、民族的英才。上句表达的是民族与政治的情怀，是未能实现抱负与夙愿的惆怅。下句表达的是他的学术渊源与归属。夫之仰慕、继承、光大的是张载的哲学，视之为“正学”，并谦虚地说自己才力有限，赶不上张载等先儒。夫之强烈批评佛道二教；批评地理解和继承宋明理学；对陆王及其后学的批评也甚为尖锐，力求使学风由虚返实；对程朱后学亦有批评，然其学仍有程朱学术的色彩。
王船山的哲学思想十分丰富。熊十力对王船山学术的路数与特点有精到的概括：“晚明有王船山，作《易》内外《传》，宗主横渠，而和会于濂溪、伊川、朱子之间，独不满于邵氏。其学尊生以箴寂灭，明有以反空无，主动以起颓废，率性以一情欲，论益恢宏，浸与西洋思想接近矣。”熊先生认为，船山“足为近代思想开一路向”，可谓深中肯綮。熊先生对船山的定位是十分确当的。
“气”是王夫之哲学最重要的范畴。王夫之把“太虚”“太极”“太和”“诚”等范畴都讲成“气”，或视为与“气”等值的概念、范畴。他的宇宙观是“太虚即气”“太虚一实”的气化宇宙观。在理与气的关系上，“理在气中，气无非理；气在空中，空无非气，通一而无二者也”（《张子正蒙注?太和》）。
“理与气互相为体，而气外无理，理外亦不能成其气，善言理气者必不判然离析之。”（《读四书大全说》卷十）
“气者，理之依也。气盛则理达。天积其健盛之气，故秩叙条理，精密变化而日新。”（《思问录?内篇》）
“盖言心、言性、言天、言理，俱必在气上说，若无气处，则俱无也……程子言：‘天，理也。’既以理言天，则是亦以天为理矣。以天为理，而天固非离乎气而得名者也，则理即气之理，而后天为理之义始成。浸其不然，而舍气言理，则不得以天为理矣。”（《读四书大全说》卷十）
夫之的诠解，用今天的话语表述：气是理的依凭与条件，气运动和变化才产生理，理之实现亦需要气的力量、动能；理是气的所以然或所当然，是整体的或部分的道理，是气的属性、关系与气之运动变化的秩序、条理、律则。理具有今天我们所说的理想性、合理性与规律性的意思。因此，理以气为根据，理就在气之中，不在气之外。不仅理是气之理，同时，气是理之气，遵循理可以成就其气。在这个意义上，理与气互为其体。
他的“天下惟器”“道在器中”的主张表达了个别与一般的辩证关系。他又主张“以心循理”。他说：“万物皆有固然之用，万事皆有当然之则，所谓‘理’也。乃此‘理’也，唯人之所可必知、所可必行；非人之所不能知，不能行，而别有‘理’也。”而所谓的“心”，则是人的认知与行为的能力或能动性或主体性。人之“心”能把握“理”，“具此理于中而知之不昧，行之不疑者，则所谓‘心’也。以心循理，而天地人物固然之用、当然之则，各得焉，则所谓道”（《四书训义》卷八）。以心把握理、实践理的过程就是道。
事物之“理”是事物固有的或应然如此的道理，它虽然独立于人心之外，但人心可以把握它并在实践中加以运用。在认识过程中，应该“随时循理而自相贯通，顺其固然，不凿聪明以自用”（《张子正蒙注》卷四）。也就是不要师心自用。在理与事的关系上，王夫之特别提出：“有即事以穷理，无立理以限事。”（《续春秋左氏传博议》卷下）不是以既有的理去限制事物的发展，而是在从事的实际工作中去研究、认识、实践理，推动事与理的发展。这就隐含有真理总是具体的认识。
在关于事物变化发展动力的问题上，船山发展了张载的“一物两体”“动非自外”的观点，坚持内因论，反对外因论。他说：“一气之中，二端既肇，摩之荡之，而变化无穷。”又说：“天下之变万，而要归于两端，两端生于一致。”“两端”即乾坤、阴阳、辟阖，它是事物内在性的两种能量、动势。“乾坤并建”，“两端生于一致”，又是重要的思维方式。
在人性论上，王船山肯定人性“日生日成”，人随着生命成长而不断接受天的禀赋（即气的禀赋），不断有新的内涵。船山又从“习”的角度讨论了人性如何在社会生活中形成的问题，肯定“习与性成”，认为后天习成对于善化人性有十分积极的作用。他强调情、才出于性且彰显性。
船山哲学在今天可以作创造性转化，有重要的价值与意义。如在知行关系上，船山提出了“知行相资以为用”“并进而有功”的知行合一观。他批评当时一些学者“离行以为知”，或者沉溺在训诂、辞章之中，或者逃避现实，身心如槁木死灰。他十分强调“行”，强调实践及其功效。今天，我们也面对着知行脱节的弊端，重新诠释船山重实行的主张，具有现实意义。
又如，在伦理学方面，“理欲关系”涉及的是社会发展过程中道德伦理规范与人的感性欲求的关系问题。对此，船山强调的是“欲中见理”，突出了欲与理的统一性。“天理寓于人欲”的思想在今天具有积极意义。