“琉球独立”思潮与“台湾独立”运动有两项外观上的共同点。第一，二者发生的地点接近：同样出现在身处东海，且互为近邻，在文化和历史经历上高度相似，长期密切互动的岛屿上；二者相对于东京和北京，都是处于国家的边缘区域。第二，二者发生的时间近似：都是发生在第二次世界大战以后，冷战与后冷战的国际政治氛围之下。
但“琉球独立”思潮与“台湾独立”运动却有四项根本差异：
一、在同遭日本殖民之前，琉球是古王国；台湾则（自有政治史以来，即）是中国王朝的直辖地方。
二、“琉球独立”思潮源于琉球先住民中的知识分子；“台湾独立”运动则是由来自中国大陆福建省南部、广东省东部汉人移民的后代之中的一部分菁英所主导。
对于琉球而言，日本是殖民母国，日本人是殖民者；对于台湾而言，中国本系母国，除台湾先住民外，构成台湾人口主体的，是来自中国大陆福建省南部、广东省东部汉人移民后裔，他们与在 1945 年以后来到台湾的大陆其他省籍移民、海南岛移民本是同族同胞。但来自福建省南部汉人移民的后代中的一部分人利用其地域群体在台湾人口构成中的优势，自命为“正港”（正宗）的台湾人，降低乃至排除包括台湾先住民各群体与其他地域汉人移民作为“台湾人”的资格。
三、“琉球独立”思潮在政治上追求脱离外来的日本统治，在文化上追求去殖民化；“台湾独立”运动则在政治上寻求脱离母国，在文化上追求“再殖民化”。“琉球独立”思潮与“台湾独立”运动在面对中国与日本的情感与观感上完全对立。
“琉球独立”思潮的历史源头，来自 19世纪后期面对日本吞并的威胁，琉球人对中国王朝所主导的东亚国际秩序的向往；演变到琉球知识分子对于美、日在政治、文化和经济殖民的反省与厌弃。“台湾独立”运动则源自日本战败后，原本在殖民统治下享受特权和“近代化”的部分台湾人之中的“皇民”，对于“落后”（且有意改变当时台湾社会贫富结构）的母国的厌弃；演变到台独知识分子对于美国主导，日本协力的当代世界政治、文化和经济殖民体系的拥抱，尤其是对于西方知识殖民体系的归化。
四、包括“琉球独立”思潮在内，日本与世界各国的政治、社会运动，尤其是学生运动，多数带有左派民主主义色彩，诉求反资本主义、反帝国主义、同情第三世界的价值；台湾的政治、社会运动，尤其是学生运动，基本上则是由右派乃至极右派主导的。尽管这类极右派时常假扮为左派，但却完全不掩饰其对资本主义、美日帝国主义的倾慕，更大声宣示其对以中国为代表的第三世界的鄙视和排斥。
“琉球独立”思潮与“台湾独立”运动在外表上看似都在追求“独立”，但在本质上却完全不同。