学术界早对魏晋玄学与宋明理学分别都有比较深入的研究，取得了丰硕的成果。同时，对于玄学与理学内在关联的研究，也有一些学者开始关注。早在上个世纪30年代，陈寅恪先生指出了先秦以后包括魏晋玄学在内的长期的思想积累对理学思潮形成的影响。80年代后，冯友兰先生更明确指出玄学与理学的联系。陈寅恪、冯友兰先生虽然没有对这一问题进行具体的详细的论述，却点出了这个值得研究的问题。后来，一些从事玄学、理学研究的学者，也曾经偶尔接触到这个问题，在一些具体的问题上，做出了有价值的贡献。但从总体而言，学界对玄学与理学内在关联的重要课题，则研究得十分不够。
玄学与理学，初看起来是两个非常不同的学术形态、思想体系，但是进一步细究，就可以发现两者之间有着内在的理路。本书所做的关于玄学与理学的内在理路探讨，就是希望在玄学、理学的不同学术形态中寻找其内在关联。本书希望解决这样的问题：玄学为什么会转型为理学？理学是如何既汲收玄学又取代玄学成为主流学术思想的？玄学、理学有一个重要共同点，就是对先秦儒、道两家学说的会通，从而体现了秦汉以后中国学术思想走向融合发展的大趋势。但是，玄学是以道家为主体而兼容儒家，故而被当代学者称为“新道家”；理学则是以儒家为主体而兼容道家（也包括佛学），故而被当代学者称为“新儒家”。 宋儒在整合传统资源以实现儒学重建中，对玄学的继承占有十分重要的地位，因为魏晋玄学在个体安顿、哲学思辩、修养身心三个方面，是先秦、汉唐时期儒学所不及的。玄学作为一种重要传统资源，正好能够为儒学发展做出有价值的贡献。本书选择玄学与理学的思想理路作为研究的对象，希望以此来弥补这一学术研究领域的不足，可以使我们明了宋儒是如何利用传统资源，实现思想文化的时代更新、理论重建的问题。由于本书着重探讨玄学与理学的学术脉络与思想理路，故而主要采用“内在理路”的解释方法，说明玄学与理学的内在关联。但是我们仍然坚持认为，任何思想文化产生、衍进的“内在理路”，总是在一定社会历史条件下产生的，我们所探讨的，是一种社会历史“外缘条件”下演变、发展的“内在理路”。
我们认为，对玄学与理学的内在理路的探讨，不仅可以使我们深化对玄学与理学的研究，同时还能够使我们加强对中国思想文化独特性和连续性的思考，深化对中国文化的恒长生命力原因的思考。中国思想传统本来就体现了中国人对自然、社会、人生的独立思考，并形成了自己独特的思考方式和视角，产生了一套独有的问题意识和概念体系，中国传统学术思想所具有的“内在理路”充分体现出中国思想文化阶段性与连续性的统一。我们希望通过对玄学与理学的内在理路的个案研究，最终指向对“中华文化如何得以形成一个没有中断、源远流长的独特系统”的理解和解释。
我们通过充分地挖掘文献资料、展开学术分析，并且运用了内在理路、谱系学、经典诠释学、比较哲学的方法，研究玄学与理学之间的思想理路与学术脉络。我们主要研究了如下几个方面的问题，并得出了相关的结论：
（1）玄学家、理学家在生活世界、精神境界与人格理想方面的思想理路。魏晋玄学家重视个体存在的意义与价值，重视人的内在精神境界的提升，追求一种潇洒飘逸、优游自得、超然脱俗的名士风度。宋明理学家也热衷于探讨“孔颜乐处”的精神境界，力图把自己融于万物和宇宙之中，追求一种自由自在、恬淡自适即“胸次悠悠，与天地上下同流”的圣人气象，这显然是受魏晋风度的影响。但魏晋名士往往是与不拘礼法、率性纵情的生活方式联系在一起；而宋明理学家的圣贤气象则总是体现出一种恪守礼教、兼济天下的人生追求。理学立足于日用常行的社会伦理关系对魏晋风度进行了继承与改造，在提升精神境界、追求圣贤气象的工夫方面提出一整套新的思想学说。
（2）玄学、理学的身心之学的思想理路。身心之学是关于个体存在的学说，是对与自我相关的身体与精神的思考。身心问题是魏晋玄学的思想基础，同时也表达了魏晋玄学的学术贡献。本来，魏晋名士在建构个体的生存哲学时，强调人的身与心、形与神是相互依存、相互渗透的一体存在，故而对个体存在的身心问题提出了许多重要见解。魏晋名士的身心观念也影响了宋儒的身心之学。宋儒的身心之学包括个体存在与道德修身双重涵义，并且建立在身心一体的思想基础之上。魏晋的身心思想为宋儒解决个体人生哲学提供了重要的思想资源。玄学、理学的身心之学存在一脉相承、前后发展的“内在理路”。
（3）玄学、理学的性理之学的思想理路。“性理之学”则是一种将人的内在本质与宇宙的普遍法则统一起来的哲学思想，表达的正是中国传统由人道而及天道的“究天人之际”的理论与学说。玄学家们对先秦诸子讨论的性、理概念作出了哲学上的提升，从而初步奠定了“性理之学”的思想框架和思维模式。两宋的儒家学者不仅是正式使用了“性理之学”的名称来概括、表述自己重新建立的学术思想体系，而且他们在思想的深刻性、学术的系统性、理论的完整性方面完善了性理之学。本书从中国古典哲学发展的视角揭示了玄学与理学“性理之学”的建构过程与思想理路。
（4）玄学、理学在经典诠释方法方面的内在理路。玄学采取了注释经典的学术形式，在经典诠释中，玄学家一反汉儒重视章句训诂的注经传统，着重发挥经典义理，通过言意之辨、本末之辨阐述自己的经学观点，启发人们的哲学思考。这种经典诠释方法，给理学以深刻的影响。理学家疑经惑古，突破了汉唐章句训诂之学的束缚，注重通过言意之辨、体用之辨阐发儒家经典，表现鲜明的义理之学的特征。
（5）玄学、理学《论语》学的内在理路。玄学、理学《论语》学有着许多共同点，如二者均是经学中的义理派，均把重点放在对中国传统内圣之道的拓展与建构上，均认为自己诠释《论语》的使命就是要将《论语》中孔子不讲的“性与天道”的形上意义发掘出来，并且均具有儒道兼综的思想特点。不同的是，玄学以道家的思想诠释儒家经典，把儒家经典道家化，从而兼融儒道而自成其学。受这种会通精神的影响，宋代理学家在诠释经典与建构其思想体系时，反思了玄学的缺陷，牢固地坚持了儒家本位的立场。
（6）玄学、理学《周易》学义理建构的内在理路。玄学与理学均重视对《周易》的诠释与研究，并表现出前后相承的内在学术理路。玄学家王弼的义理《易》学在《易》学史具有十分重要的思想地位，他最早以本末的哲学思想来诠释《周易》，因此而成为《易》学史上具有开拓性的重要人物。理学家程颐的《易》学为儒家建构形上学做出了创造性的贡献，但是，如果将王弼《周易注》与程颐《伊川易传》作一对比考察，可以发现这两大家的义理《易》学之间学脉相承。本书从《周易》义理学的建构过程和思想特色的角度，厘清了宋儒的义理《易》学与玄学的义理《易》学之间的传承、发展关系。
其实，上述六个方面的研究是一个有着内在逻辑联系的整体。第一章是从历史现象人手，主要讨论玄学家、理学家在生活世界、精神境界与人格理想的思想理路；第二、第三章则是探讨玄学家、理学家生活世界之后的思想基础及其相互关系，即探讨玄学、理学的身心之学、性理之学的思想理路；后三章则是探讨玄学家、理学家的思想观念的经典依据，即探讨玄学、理学的《论语》学、《周易》学的义理建构的内在理路。这是一个由历史现象到思想观念再到经典学术的深化过程，即“生活世界→思想观念→经典学术”的由浅入深的基本脉络，这也是一个学术探讨的过程。玄学家、理学家有着他们独特的生活世界、生活方式，而这套独特的生活世界、生活方式背后又有一套独特的思想观念体系，他们用独特的思想观念体系去重新解释经典，建立了一种新的经典学术。当然，我们也可以反过来理解：玄学家、理学家通过重新阅读、解释经典《论语》、《周易》，发现并建立了新的思想体系，玄学、理学的身心之学、性理之学就是他们通过经典诠释而建立起来的；他们又以其身心之学、性理之学的思想去指导自己的行为方式、生活世界，故而才有魏晋名士风度和宋明圣贤气象。这是一个由经典学术到思想观念再到生活世界的思想实践过程，即“经典学术→思想观念→生活世界”的由里及表的基本脉络。在历史上，这两个不同方向的过程往往是同时发生的。可见，上述六个方面是一个有机的整体。